Кофеин иногда считают фактором риска для костей, однако исследования не показывают, что употребление чая приводит к потере кальция или снижению плотности костной ткани. Более того, анализ китайских учёных выявил связь между генетической предрасположенностью пить больше чая и более высокой минеральной плотностью костей. Это наблюдение не доказывает, что чай сам по себе улучшает состояние костей. Для их здоровья обычно рекомендуют получать достаточно кальция с пищей и выполнять силовые упражнения. Опасения по поводу кофеина связаны с возможным вредом для костной ткани, но биологически активные вещества чая могут компенсировать его влияние. В качестве одного из возможных объяснений учёные рассматривают противовоспалительные свойства напитка. В китайском исследовании применили менделевскую рандомизацию: генетические варианты использовали, чтобы оценить связь между склонностью к употреблению чая и общей минеральной плотностью костной ткани. У людей с генетической предрасположенностью пить больше чая этот показатель оказался выше. Наиболее заметной связь была среди участников в возрасте от 45 до 60 лет. Авторы считают, что результаты ставят под сомнение представление о том, будто чай способствует остеопорозу. Однако выводы относятся к людям с генетической склонностью чаще пить чай и не подтверждают причинно-следственную связь. Кроме того, анализ не выявил такой связи для отдельных видов напитка — в том числе зелёного и травяного чая.
